제주시지역의 해양쓰레기 발생 원인은 태풍, 장마, 기상악화 시 하천을 통해 유입되는 육상기인 쓰레기와 어업활동에서 발생되는 어구·어망, 폐스티로폼 및 중국, 육지부 등지에서 밀려오는 해상기인 쓰레기로 구분되는데 이중 육상기인 쓰레기가 68%로 높은 비중을 차지하고 있다.
매년 제주도에서 발생되는 해양쓰레기 발생량은 약 2만t이며 이중 제주시는 1만4000t으로 전도의 약 65%로 추정되고 있다.
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연도별 발생량을 보면 2012년 4235t ▲ 2013년 5144t ▲ 2014년 4927t ▲ 2015년 1만1307t ▲2016년 5819t으로 계속해서 증가하고 있다.
특히 2015년도에는 중국 연안에서 유입된 대규모의 괭생이모자반이 제주시 전지역에 대량(약 1만t)으로 밀려와 어업에 지장을 주고 악취를 풍기는 등 피해를 발생시키기도 했다.
시는 올해 청정 제주바다 지킴이(56명), 해양쓰레기 정화사업, 양식어장 정화사업 등 총 21개 사업에 27억1400만원을 투자할 방침이다.
한편 2016년도에는 해양쓰레기 정화사업 등 23개 사업에 19억2800만원을 투자해 해양쓰레기 약 6000t을 수거·처리했다.
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